Ну я не против писать какой-нить там рендер или архиватор на C, но гуи все ж таки лучше на дотнете, примитивы поудобнее будут (я про wpf говорю).

насчет сканирования фс я не вникал, в чем трабл, поэтому компетентно ответить не могу.